La estructura organizativa del Centro, está diseñada básicamente de forma horizontal e integrada por 2 direcciones metodológicas y 5 direcciones funcionales o divisiones, todas subordinadas directamente a la Dirección General. Esta estructura posibilita la gestión por procesos, la interacción entre las áreas y la conformación de equipos de trabajo para la realización de proyectos o servicios de ser necesarios, por lo que funciona como una estructura matricial.
- Dirección General.
- División de Investigación, Desarrollo e Innovación.
- Grupo de Servicios Medio Ambientales (SEMA).
- Grupo de la Red Nacional de Vigilancia Radiológica Ambiental (RNVRA).
- Laboratorio de Dosimetría Biológica (LDB).
- Grupo de Asesoría de la Seguridad Radiológica (GASR).
- División de Servicios Científicos – Técnicos.
- Laboratorio de Calibración Dosimétrica (LSCD).
- Laboratorio de Dosimetría Externa (LDE).
- Laboratorio de Vigilancia Radiológica Ambiental (LVRA).
- Grupo de Control de Calidad para Equipos de Radiología Médica e Industrial (GCCE).
- División de Comercialización.
- Dirección de Capital Humano y Gestión Integrada.
- Grupo de Servicios Informáticos y Redes aplicados a la Protección Radiológica (GSIR).
- Dirección de Economía.
- Grupo de Contabilidad.
- Grupo de Finanzas.
- División de Servicios Internos.
- Brigada de Servicios Generales.
- División de Gestión de Desechos Radiactivos y Saneamiento Ambiental
- Grupo de Gestión de Desechos Radiactivos (GDR).
- Brigada de Producciones Especializadas.
- Brigada de Saneamiento Ambiental.
- Brigada de Aseguramiento Productivo.
El Diagrama de a continuación está formado por los siguientes elementos de organización estructural:
